Perseroan juga melaksanakan program pengendalian gratifikasi sesuai ketentuan yang berlaku. PT Pelabuhan Indonesia (Persero) menyadari bahwa dalam menjalin hubungan kerja dengan pihak ketiga, seringkali bersinggungan dengan praktik gratifikasi, sehingga dibutuhkan sebuah pedoman untuk mengendalikan praktik tersebut. Hal ini dilakukan agar seluruh Insan Pelindo memiliki pemahaman yang sama tentang perlakuan terhadap gratifikasi serta membantu Insan Pelindo untuk tidak terjerat dalam praktik gratifikasi yang termasuk tindak pidana suap. Dalam kondisi tertentu, saat Insan Pelindo tidak dapat menghindar untuk menerima pemberian dari Pihak Ketiga dengan pemberian tersebut di luar ketentuan atau pemberian tersebut sudah ada di suatu tempat yang dititipkan kepada/melalui orang lain tanpa sepengetahuan Insan Pelindo, maka yang bersangkutan wajib melaporkan baik secara langsung kepada KPK atau melalui Unit Pengendalian Gratifikasi (UPG) sesuai mekanisme yang telah diatur. Selama tahun 2021, Perseroan telah melaksanakan sosialisasi terkait pengendalian gratifikasi yang dihadiri oleh 240 pekerja via zoom meeting.
Selain itu, Perseroan telah memiliki kebijakan atas sistem pelaporan atas dugaan penyimpangan pada Perseroan yang bersangkutan (whistleblowing system). Whistleblowing system (WBS) atau yang disebut Pelindo Bersih diperkenalkan untuk memperkuat penerapan dalam rangka memberikan kesempatan kepada seluruh insan Pelindo dan stakeholders lainnya untuk dapat menyampaikan laporan mengenai indikasi pelanggaran terhadap nilai–nilai etika yang berlaku, berdasarkan bukti-bukti yang dapat dipertanggungjawabkan serta dengan niat baik. Pelindo Bersih adalah sebuah program nyata dari manajemen Pelindo beserta seluruh cabang pelabuhan dan grup perusahaan untuk mewujudkan tempat kerja yang bersih dari tindakan curang, korupsi dan pemerasan. Selama tahun 2021, Perseroan telah melaksanakan sosialisasi terkait whistleblowing system yang dihadiri oleh 240 pekerja via zoom meeting.
Terkait pemegang saham dan RUPS, Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) merupakan lembaga tertinggi PT Pelabuhan Indonesia (Persero) dan wadah bagi para Pemegang Saham untuk mengambil keputusan penting yang kewenangannya tidak diberikan kepada Direksi dan Dewan Komisaris sesuai yang ditentukan dalam Anggaran Dasar dan peraturan perundangundangan yang berlaku. Pelaksanaan RUPS melalui proses pengumuman dan pemanggilan RUPS yang dilakukan sesuai ketentuan yang berlaku. Sejak diterbitkannya pengumuman dan surat pemanggilan pelaksanaan rapat tersebut, seluruh bahan yang akan dibahas dalam RUPS telah tersedia di kantor PT Pelabuhan Indonesia (Persero). Dengan demikian, para Pemangku Kepentingan yang menjadi peserta rapat dapat mengambil bahan tersebut. RUPS terdiri dari RUPS Tahunan dan RUPS Luar Biasa. RUPS Tahunan dilakukan PT Pelabuhan Indonesia (Persero) setiap tahun, yang meliputi RUPS Tahunan tentang Laporan Tahunan PT Pelabuhan Indonesia (Persero) dan RUPS Tahunan tentang Rencana Kerja dan Anggaran Perusahaan (RKAP), sedangkan RUPS Luar Biasa dapat diadakan setiap waktu berdasarkan kebutuhan untuk kepentingan PT Pelabuhan Indonesia (Persero). Pelaksanaan RUPS didahului dengan pemanggilan RUPS yang dilakukan sesuai ketentuan yang berlaku.
