Pada regional II (eks Pelindo II) telah dilaksanakan 7 (tujuh) penugasan audit rutin yaitu Kantor Pusat dan 6 (enam) Cabang Pelabuhan, 12 (dua belas) audit performansi dan kepatuhan Anak Perusahaan, 1 (satu) audit Khusus, dan 1 (satu) kegiatan Jasa Konsultansi dengan perincian sebagai berikut:
Pada regional III (eks Pelindo III) telah dilaksanakan 5 (lima) penugasan audit terpadu dan 2 (dua) audit tematik dengan perincian sebagai berikut:
Pada regional IV (eks Pelindo IV) telah dilaksanakan 17 (tujuh belas) penugasan audit rutin operasional yang telah diselesaikan yaitu: Cabang Gorontalo, Manado, Bitung, Terminal Petikemas Bitung, Balikpapan, Samarinda, Sangatta, Bontang, Tanjung Redeb, Nunukan, Tarakan, Parepare, Kendari, Ambon, Pantoloan, Ternate, dan Toli-toli.
Dalam penyelesaian audit, Tim Audit mengalami kendala sebagai akibat dampak wabah COVID-19, di mana setiap auditee menerapkan kebijakan Work From Home. Terhadap kondisi tersebut, Group SPI telah mengantisipasi dengan memaksimalkan implementasi Audit Management System (AMS), di mana proses perencanaan, kegiatan audit, pelaporan dan monitoring tindak lanjut telah dilakukan secara secara gabungan one on one.
Audit tematik yang telah diselesaikan yaitu Audit Tematik Umum.
Pelaksanaan tugas unit Pengendalian Internal pada tahun 2021 di samping melaksanakan fungsi assurance melalui audit rutin Kantor Pusat dan Cabang Pelabuhan serta audit performansi pada anak perusahaan juga melaksanakan pemenuhan arsitektur Unit Satuan Pengawasan Intern after merger yang tertuang dalam Program 100 hari kerja Satuan Pengawasan Intern diantaranya: